Благодаря помощи человечища Karmadon вопрос решен.
Случайно спросил его по skype и сразу было предложено решение:
«в тотал командере было нечто такое»

Скачал и установил Total Commander 7.04a
Страница загрузки
Русификация

Опробовал. Действительно умеет сравнивать каталоги через синхронизацию. Причем если потом выбрать пункт «синхронизация», то можно сбросить новые файлы в любой каталог, а не только для добавления.

Респект, Karmadon!